Không giống nước Pháp, chiếu theo Luật Salic chỉ có nam giới mới có quyền thừa kế ngôi Vương, Vương quốc Navarre chấp nhận quyền thừa kế cho nữ giới. Năm 1555, Henry II của Navarre qua đời, Jeanne và chồng kế vị để trị vì Vương quốc. Navarre là một vương quốc nhỏ nằm vắt ngang rặng Pyrenees. Năm 1512, phần đất phía nam của vương quốc bị sáp nhập vào Tây Ban Nha. Tuy nhiên, triều đình cũng sở hữu những lãnh thổ khác bao gồm Béarns kế cận Navarre.[1]

Giống mẫu thân Marguerite xứ Angouleme, người có chủ trương cải cách từ bên trong Giáo hội, và có thiện cảm với những người Huguenot, Jeanne d’Albret dùng lãnh thổ của Vương quốc làm nơi ẩn náu cho những người Huguenot đang bị bách hại[2]. Ngay trong năm đầu trị vì, Jeanne d’Albret triệu tập một hội nghị gồm các mục sư Huguenot đang bị bao vây, sau đó bà công bố đức tin Kháng Cách (theo thần học Calvin) là quốc giáo của vương quốc.

Sự tranh chấp quyền lực giữa phe Công giáo và phe Huguenot nhằm nắm quyền kiểm soát triều đình và cả nước Pháp bùng nổ thành Chiến tranh Tôn giáo Pháp năm 1562. Antoine de Bourbon chọn theo phe Công giáo, nhưng bị thiệt mạng do bị thương trong lúc ông tham gia cuộc bao vây Rouen. Con trai của Jeanne, Henri, nay trở thành nhân vật số một trong thứ tự kế thừa ngôi báu nước Pháp. Dù được rửa tội (báp têm) theo nghi thức Công giáo Rôma, Henri được mẹ giáo dưỡng trong đức tin Kháng Cách.

Năm 1567, chiến tranh tái phát, Jeanne phải đến tị nạn tại La Rochelle, thành lũy của người Kháng Cách. Ở đó, bà chỉ huy những cuộc đàm phán tìm kiếm hòa bình. Đến năm 1570, diễn ra việc dàn xếp cuộc hôn nhân giữa Henri và Marguerite nhà Valois. Jeanne từ trần tại Paris hai tháng trước khi cử hành hôn lễ. Nhiều lời đồn đại vào lúc ấy cho rằng Catherine de Médicis, mẹ của cô dâu, đã đầu độc bà.